Μικροβιολογικό Τμήμα Α

line

Διευθύντρια Σκούρα Λεμονιά, Αναπλ.Καθηγήτρια Ιατρικής Βιοπαθολογίας - Μικροβιολογίας, Ιατρική Σχολή, ΑΠΘ

Θέση

Το μικροβιολογικό τμήμα βρίσκεται στον όροφο -1 του κεντρικού κτιρίου του Π.Γ.Ν.Θ. ΑΧΕΠΑ, στο χώρο των Κεντρικών Εργαστηρίων.

Ιστορικό - Στόχοι

Το εργαστήριο οργανώθηκε παράλληλα με την ίδρυση του Νοσοκομείου και στηρίζει τον έλεγχο και την θεραπευτική βακτηριακών λοιμώξεων από αερόβια, αναερόβια, ειδικά παθογόνα και μυκοβακτηρίδια. Δέχεται δείγματα από ασθενείς όλων των τμημάτων του νοσοκομείου μας και άλλων νοσοκομείων, καθώς και δείγματα εξωτερικών ασθενών. Επιπλέον, το εργαστήριο ασχολείται με την εκπαίδευση των ειδικευομένων της Ιατρικής Βιοπαθολογίας στο πλαίσιο της ειδικότητας της Ιατρικής Βιοπαθολογίας, των φοιτητών Ιατρικής στο πλαίσιο του προπτυχιακού προγράμματος σπουδών και των τεχνολόγων ιατρικών εργαστηρίων κατά την πρακτική άσκησή τους. Ακόμη, το τμήμα Μικροβιολογίας συμμετέχει στην εκπόνηση διδακτορικών διατριβών με ανακοινώσεις σε Ελληνικά και Διεθνή Συνέδρια. Στόχος του εργαστηρίου είναι η καλύτερη δυνατή εξυπηρέτηση των ασθενών επιδιώκοντας την ποιότητα στις εφαρμοζόμενες εργαστηριακές εξετάσεις, τη συνεργασία με τους θεράποντες ιατρούς, αλλά και τη συνεχή εκπαίδευση του ιατρικού και παραϊατρικού προσωπικού.

Προσωπικό και στοιχεία επικοινωνίας

Ευθυμία Πρωτονοταρίου
Επίκουρος Καθηγήτρια, Ιατρός Βιοπαθολόγος PhD
τηλ: 2310994658

Όλγα Βασιλάκη
Επιμελήτρια Α', Ιατρός Βιοπαθολόγος PhD
τηλ: 2313303238

Παρασκευή Μαντζάνα
Επιμελήτρια Α'
Ιατρός Βιοπαθολόγος PhD
τηλ: 2313303238

Γεωργία Καγκάλου
Επιμελήτρια Β΄ Ιατρός Βιοπαθολόγος
τηλ: 2313303238

e mail επικοινωνίας: ahepa_kalliergies@n3.syzefxis.gov.gr

Βιολόγοι
Δήμητρα Παπαδοπούλου
Σταματούλα Λουκμά

Βοηθοί Ιατρικών και Βιολογικών Εργαστηρίων (ΒΙΒΕ)
Αθανάσιος Φωτιάδης, ΤΕ Ιατρικών Εργαστηρίων
Χαρίκλεια Κατσάνου, ΤΕ Ιατρικών Εργαστηρίων
Γεώργιος Βούβουνος, ΤΕ Ιατρικών Εργαστηρίων
Πασχαλίνα Δαχρετζή, ΔΕ Ιατρικών Εργαστηρίων
Μάρθα Καλοκύρη, ΔΕ Ιατρικών Εργαστηρίων
Χρυσούλα Σαχσενίδου, ΔΕ Ιατρικών Εργαστηρίων

Οδηγός Λήψης και Μεταφοράς Κλινικών Δειγμάτων για την Εργαστηριακή Διάγνωση των Βακτηριακών Λοιμώξεων


ΓΕΝΙΚΕΣ ΟΔΗΓΙΕΣ
Δοχείο μεταφοράς
Να είναι ειδικό και να κλείνει αεροστεγώς για αποφυγή διασποράς παθογόνων μικροοργανισμών
Να έχει κατάλληλη σήμανση
Να συνοδεύεται από πλήρως συμπληρωμένο παραπεμπτικό

Κάθε παραπεμπτικό πρέπει να είναι καταχωρημένο ηλεκτρονικά και ναπεριλαμβάνει τις ακόλουθες πληροφορίες

  • Ονοματεπώνυμο ασθενούς
  • Όνομα παραπέμποντος ιατρού
  • Παραπέμπουσα κλινική και νοσοκομείο
  • Ηλικία, φύλο
  • Είδος δείγματος
  • Ημερομηνία και ώρα λήψης του δείγματος
  • Είδος εξετάσεων
  • Κλινικές πληροφορίες σχετικές με το είδος των αιτούμενων εξετάσεων
  • Λήψη και είδος αντιμικροβιακών φαρμάκων
  • Γνωστά μολυσματικά δείγματα πρέπει να έχουν ειδική σήμανση


Αρχές σωστής συλλογής κλινικών δειγμάτων

  1. Αντιπροσωπευτικό δείγμα, χωρίς επιμολύνσεις
  2. Πριν από τη χορήγηση αντιμικροβιακών φαρμάκων
  3. Πριν από την τοπική εφαρμογή αντισηπτικών, κολλυρίων, αλοιφών κα
  4. Πριν από την αλλαγή των τραυμάτων
  5. Σωστός χρόνος λήψης δείγματος
  6. Επαρκής ποσότητα δείγματος
  7. Κατάλληλα δοχεία συλλογής και χρήση ειδικών υλικών μεταφοράς και συντήρησης
  8. Σήμανση των δοχείων συλλογής
  9. Γρήγορη μεταφορά στο εργαστήριο


Κριτήρια για τη μη αποδοχή κλινικών δειγμάτων από το εργαστήριο

  1. Ισχυρές αμφιβολίες για την ταυτότητα του δείγματος-επικοινωνία με την κλινική
  2. Ακατάλληλο δείγμα-προβληματισμός στα ‘’μοναδικά’’ δείγματα πχ ΕΝΥ, βιοψία
  3. Μεγάλη καθυστέρηση στην αποστολή του δείγματος στο Εργαστήριο-φροντίδα για έγκαιρη αποστολή και παραλαβή
  4. Κάθε δείγμα που αποστέλλεται μέσα σε φορμόλη (υπό συζήτηση: μοναδικά δείγματα ιστών, μεγάλα σε μέγεθος που παρέμειναν στην φορμόλη λιγότερο από 1 ώρα)
  5. Δείγματα 24ωρης συλλογής (υπό συζήτηση: δείγματα για ειδικές καλλιέργειες πχ για β. Koch)
  6. Δείγματα σε ακατάλληλα ή μη αποστειρωμένα δοχεία ή σε δοχεία με διαρροή
  7. Στυλεοί που δεν είναι τοποθετημένοι στο κατάλληλο υλικό μεταφοράς
  8. Για την εκτέλεση αναερόβιων καλλιεργειών δεν γίνονται δεκτά δείγματα γαστρικών πλύσεων, ούρων, κόπρανα, δείγματα ανώτερου αναπνευστικού, δέρματος, περιβάλλοντος
  9. Δείγματα με εμφανή επιμόλυνση από ξένα σώματα

1. TMHMA ΑΕΡΟΒΙΩΝ - ΑΝΑΕΡΟΒΙΩΝ

Είδος εξέταση
Μεθοδολογία
(Μικροσκοπική εξέταση)

Είδος δείγματος

Χρόνος παράδοσης στο εργαστήριο

Μέσος χρόνος απάντησης (εργάσιμες ημέρες)

Μικροσκοπική εξέταση σε άμεσο (νωπό) παρασκεύασμα και με χρώση Gram

Βιολογικά υγρά και εκκρίματα (πτύελα, βρογχικές εκκρίσεις, ΕΝΥ, κολπικό υγρό, ουρηθρικό,  οφθαλμικό έκκριμα κλπ)

 <1 ώρα

 1 ημέρα

Μικροσκοπική εξέταση σε παρασκεύασμα με χρώση Ziehl Neelsen, για ανεύρεση οξεάντοχων βακτηρίων

 Κλινικά δείγματα που εξετάζονται για
Μυκοβακτηρίδιο Φυματιώσεως

 <1 ώρα

 1 ημέρα

Μικροσκοπική εξέταση σε παρασκεύασμα με τροποποιημένη χρώση Ziehl Neelsen για  Κρυπτοσπορίδιο

 Κόπρανα

 <1 ώρα
Κατόπιν συνεννοήσεως με το εργαστήριο

1 ημέρα

Μικροσκοπική εξέταση σε παρασκεύασμα με τροποποιημένη χρώση Ziehl Neelsen για Nοκάρδια

    
Διάφορα κλινικά δείγματα

 Κατόπιν συνεννοήσεως με το εργαστήριο

 

Γενική εξέταση κοπράνων (Μικροσκοπική εξέταση για ανεύρεση πυοσφαιρίων, ερυθρών, άπεπτων μυικών ινών και λιποσφαιρίων)

Κόπρανα διαρροϊκά σε αποστειρωμένο ουροσυλέκτη

 <1 ώρα

 1 ημέρα

Παρασιτολογική εξέταση κοπράνων με μέθοδο καθιζήσεως (Μικροσκοπική εξέταση)

 Κόπρανα διαρροϊκά  σε αποστειρωμένο ουροσυλέκτη

 <1 ώρα

 

1 ημέρα



Είδος εξέτασης
Μεθοδολογία
(Ανοσολογικές εξετάσεις)

Είδος δείγματος

Χρόνος παράδοσης στο εργαστήριο

Μέσος χρόνος απάντησης (εργάσιμες ημέρες)

Αναζήτηση αντιγόνου Cryptococcusneoformans (Μέθοδος συγκολλητινοαντίδρασης)
Ορός και Εγκεφαλονωτιαίο υγρό

 

 <1 ώρα

1 ημέρα

Ανίχνευση αντιγόνου και τοξίνης Clostridiumdifficile (Μέθοδος ανοσοχρωματογραφίας)

 Κόπρανα διαρροϊκά σε αποστειρωμένο ουροσυλέκτη

 <1 ώρα

 1 ημέρα

Αναζήτηση Αιμοσφαιρίνης (Mayer κοπράνων), (Μέθοδος Ανοσοχρωματογραφίας)

Κόπρανα  σε αποστειρωμένο ουροσυλέκτη

 <1 ώρα

 1 ημέρα

Αναζήτηση αντιγόνου για ιούς Rota (Μέθοδος Ανοσοχρωματογραφίας)

 Κόπρανα σε αποστειρωμένο ουροσυλέκτη

 <1 ώρα

1 ημέρα



Είδος εξέτασης
Μεθοδολογία
Καλλιέργειες για κοινά παθογόνα

Είδος δείγματος

Χρόνος παράδοσης στο εργαστήριο

Μέσος χρόνος απάντησης (εργάσιμες ημέρες)

Καλλιέργειες αίματος σε αυτόματο μηχάνημα

Αίμα

<1 ώρα

7 – 8 ημέρες












Καλλιέργειες κλινικών δειγμάτων σε θρεπτικά υποστρώματα

Βιολογικά υγρά ΕΝΥ, περιτοναϊκό, αρθρικό, πλευριτικό υγρό κ.α.)

<1 ώρα

5-7 ημέρες

Ούρα

<1 ώρα

2 -3 ημέρες

Κολπικό υγρό

<1 ώρα

2-5 ημέρες

Τραχηλικό επίχρισμα, ουρηθρικό έκκριμα, σπέρμα

<30 λεπτά

2-5 ημέρες

Φαρυγγικό, αμυγδαλικό επίχρισμα

<1 ώρα

2-5 ημέρες

Οφθαλμικό έκκριμα, ρινικό έκκριμα, ωτικό υγρό

<1 ώρα

2-5 ημέρες

Πτύελα, βρογχικές εκκρίσεις και βρογχοκυψελιδικό έκπλυμα (BAL)

<1 ώρα

3-5 ημέρες

Πύο, Υγρά παροχέτευσης (ασκιτικό, περιτοναϊκό)

< 1 ώρα

5-7 ημέρες

Δερματικά επιχρίσματα, ιστοί

<1 ώρα

4-7 ημέρες

Άκρα ενδαγγειακών καθετήρων και άλλων ενθεμάτων

<1 ώρα

2-5 ημέρες

Κοπράνων για Salmonellaspp., Sigella spp και Cambylobacter spp.

  1 ώρα

3-5 ημέρες



Είδος εξέτασης
Μεθοδολογία
(Καλλιέργειες για ειδικά παθογόνα)
Με καλλιέργεια σε ειδικά θρεπτικά υλικά

Είδος δείγματος

Χρόνος παράδοσης στο εργαστήριο

Μέσος χρόνος απάντησης (εργάσιμες ημέρες)

Για Candida και Cryptococcus spp.

Σε όλα τα ανωτέρω δείγματα

 

 

Για Neiserriagonorrhoeae

Ουρηθρικό, προστατικό, τραχηλικό, φαρυγγικό δείγμα

Σε συνεννόηση με το εργαστήριο

 

Για ακτινομύκητες, όπως Nocardia

Σε συνεννόηση με το εργαστήριο

 

 

Για Listeriamonocytogenes

 

 

 

Για άλλα ειδικά παθογόνα

Σε συνεννόηση με το εργαστήριο

 

 



2. ΤΜΗΜΑ ΦΥΜΑΤΙΩΣΗΣ

Είδος εξέτασης
Μεθοδολογία

Είδος δείγματος

Χρόνος παράδοσης στο εργαστήριο

Μέσος χρόνος απάντησης (εργάσιμες ημέρες)

Άμεση μικροσκοπική εξέταση σε κλινικά δείγματα, με χρώση Ziehl-Neelsen, για ανεύρεση οξεάντοχων βακτηρλιων

Πτύελα, BAL κ.α.

 <1 ώρα

2-3 ημέρες

Καλλιέργεια

Πτύελα, BAL, ΕΝΥ, ούρα κ.α.

<1 ώρα

45-50 ημέρες

Μοριακή μέθοδος PCR για την ταυτοποίηση του Mtuberculosisκαι προσδιορισμό αντοχής στη ριφαμπικίνη

Εξαιρούνται αίμα, μυελός, οστούν και αιματηρά δείγματα

 
<1 ώρα

 

1-2 ημέρες



Μέθοδοι βακτηριακής Ταυτοποίησης –Τυποποίησης και προσδιορισμού ευαισθησίας στα αντιμικροβιακά

  • Ταυτοποίηση Gram θετικών και Gram αρνητικών βακτηρίων με αυτοματοποιημένο μηχάνημα (VITEK2, biomerieux)
  • Ταυτοποίηση Gram θετικών και Gram αρνητικών βακτηρίων με συμβατικές μεθόδους
  • Ταυτοποίηση αναεροβίων με αυτοματοποιημένο μηχάνημα (VITEK2, biomerieux)
  • Ταυτοποίηση και τυποποίηση αναεροβίων με συμβατικές μεθόδους
  • Ταυτοποίηση μυκήτων Candida με αυτοματοποιημένο μηχάνημα (VITEK2, biomerieux)
  • Αντιβιόγραμμα – μέθοδος διάχυσης με δίσκους (Kirby-Bauer)
  • Αντιβιόγραμμα με προσδιορισμό ελάχιστης ανασταλτικής πυκνότητας (MIC) αντιμικροβιακών σε Gram θετικά,Gram αρνητικά βακτήρια και Candida με αυτοματοποιημένο μηχάνημα (VITEK2, biomerieux)
  • Προσδιορισμός ελάχιστης ανασταλτικής πυκνότητας (MIC) αντιμικροβιακών με διαβαθμισμένες ταινίες σε Gram θετικά και Gram αρνητικά βακτήρια, απαιτητικά μικρόβια και αναερόβια
  • Προσδιορισμός ελάχιστης ανασταλτικής πυκνότητας (MIC) με χρήση πάνελ μικροαραιώσεων σε ζωμό για πολυανθεκτικά Gram αρνητικά βακτήρια
  • Προσδιορισμός ελάχιστης ανασταλτικής πυκνότητας (MIC) με χρήση πάνελ μικροαραιώσεων σε ζωμό για Candida spp



3.ΤΜΗΜΑ ΜΟΡΙΑΚΗΣ ΔΙΑΓΝΩΣΤΙΚΗΣ ΚΑΙ ΕΠΙΤΗΡΗΣΗΣ ΕΝΔΟΝΟΣΟΚΟΜΕΙΑΚΩΝ ΛΟΙΜΩΞΕΩΝ

Φαινοτυπικές δοκιμασίες

  • Φαινοτυπική δοκιμασία παραγωγής ευρέως φάσματος β-λακταμασών (ESBL)
  • Φαινοτυπική δοκιμασία παραγωγής καρβαπενεμασών (KPC)
  • Φαινοτυπική δοκιμασία παραγωγής μέταλλο-β-λακταμασών (MBL,NDM)


Μοριακή διάγνωση
Οι μοριακές μέθοδοι πραγματοποιούνται κατόπιν συνεννοήσεως με το εργαστήριο

  • Ποιοτική ανίχνευση Mycobacterium turbeculosis με real time PCR και αντοχή στη ριφαμπικίνη
  • Ανίχνευση παθογόνων μικροοργανισμών υπεύθυνων για Μηνιγγίτιδα μέθοδο ταχείας πολυπλεκτικής PCR εντός 2 ωρών. Η τρέχουσα μέθοδος αφορά στην μοριακή ανίχνευση δεκατεσσάρων παθογόνων σε εγκεφαλονωτιαίο υγρό (Escherichia coli, Haemophilus influenzae, Listeria monocytogenes, Neisseria meningitidis, Streptococcus agalactiae, Streptococcus pneumoniae, Cytomegalovirus (CMV), Enterovirus, Herpes simplex virus 1 (HSV-1), Herpes simplex virus 2 (HSV-2), Human herpes virus 6 (HHV-6), Human parechovirus, Varicella zoster virus (VZV) Cryptococcus neoformans/gattii)
  • Ανίχνευση παθογόνων μικροοργανισμών υπεύθυνων για βακτηριαιμία με multiplex PCR και Reverse Dot Blot Hybridization. Η τρέχουσα μέθοδος αφορά στην ανίχνευση βακτηρίων (Coagulase-Negative Staphylococci, Staphylococcus aureus, Streptococcus spp., Streptococcus pneumoniae, Streptococcus agalactiae, Listeria monocytogenes, Enterococcus spp., Pseudomonas aeruginosa, Acinetobacter baumannii, Neisseria meningitidis, Stenotrophomonas maltophilia, Escherichia coli, Klebsiella pneumoniae, Serratia marcescens, Enterobacteriaceae species, Proteus spp.), είδη μυκητών (Candida albicans και Candida spp.) και είκοσι δεικτών της Επιτήρησης Ενδονοσοκομειακών Λοιμώξεων
  • Έλεγχος ρινικής φορείας προσωπικού και ασθενών για MRSA
  • Έλεγχος φορείας προσωπικού και ασθενών για πολυανθεκτικά παθογόνα βακτήρια, όπως Pseudomonas aeruginosa, Klebsiella pneumoniae, Acinetobacter baumannii, vancomycin resistant Enterococci (VRE)
  • Μικροβιολογικός έλεγχος κλιβάνων Κεντρικής Aποστείρωσης
  • Έλεγχος για υφομύκητες σε χώρους λευκοπενικών ασθενών
  • Τυποποίηση επιδημικών στελεχών νοσοκομειακών λοιμώξεων
  • Καταγραφή πολυανθεκτικών στελεχών (Pseudomonas aeruginosa, Acinetobacter baumannii, Klebsiella pneumoniae) στα πλαίσια του προγράμματος ΠΡΟΚΡΟΥΣΤΗΣ (ΥΥΚΑ-ΚΕΕΛΠΝΟ)
  • Επιτήρηση του προφίλ ευαισθησίας στα εν χρήσει αντιμικροβιακά νοσοκομειακών και εξωνοσοκομειακών στελεχών
  • Μικροβιολογική επιτήρηση (surveillance) ασθενών στους οποίου απομονώθηκαν πολυανθεκτικά βακτήρια
  • Moριακός επιδημιολογικός έλεγχος πολυανθεκτικών βακτηρίων
  • Γενετική συσχέτιση μεταξύ βακτηριακών στελεχών με ηλεκτροφόρηση τύπου PFGE